Деревянный храм Святой Живоначальной Троицы был освящен в 1999 году епископон Ионафаном в присутствии высоких гостей, в том числе и Губернатора Игоря Павловича Фархутдинова.
Через десять лет туманы и соль разъели брус, к 2010 году здание уже представляло опасность.
В рамках рабочего визита на о. Кунашир Президента РФ Дмитрия Анатольевича Медведева (1 ноября 2010 года) принято решение о строительстве нового храма на месте действующего деревянного. Решение благословлено епископом Южно‐Сахалинским и Курильским Даниилом.
Фундамент нового храма освятил настоятель храма иерей Александр Брагин 15 октября 2011 года.
Открытие и малое освящение нового храма Святой Живоначальной Троицы совершил правящий архиерей, епископ Южно‐Сахалинский и Курильский Тихон – 22 декабря 2012 года. На освящении храма присутствовал Губернатор области Александр Вадимович Хорошавин.
В нижней части храма – в баптистерии заложен камень и капсула с грамотой. Освящен новый антиминс для храма Святой Живоначальной Троицы пгт Южно‐Курильск епископом Южно‐Сахалинским и Курильским Тихоном. На территории храма построено новое здание воскресной школы с библиотекой и церковно‐причтовый дом.
Автором проекта храмового комплекса (храма, воскресной школы и причтового дома) является Сергей Ясюкевич. Концепцию внутреннего убранства храма разработал архитектор из Волгодонска Александр Тимченко.
Генеральный подрядчик – сахалинская строительная фирма «Лиго‐дизайн». Своды храма расписаны художниками‐иконописцами из Волгодонска (компания «Грант»). Сюжеты росписи — церковные праздники и библейскими повествования.
Компания «Грант» занималась установкой купола, крестов, покрывала кровлю храма. Сотрудниками этой компании привезен каменный иконостас с позолоченной резьбой. Все иконы для храма написаны в Санкт‐Петербурге молодым художником‐иконописцем Георгием Панайотовым. На звоннице размещены восемь колоколов, изготовленных на колокольном заводе в Каменск‐Уральске «Пятков и Ко».
Настоятель храма иерей Александр Брагин совершил первую Божественную Литургию 23 декабря 2012 года.
Освящение великим чином нового храма Святой Животворящей Троицы епископом Южно‐Сахалинским и Курильским Тихоном совершено 10 марта 2013 года.
